Úkolem ochránce je chránit osoby před takovým jednáním úřadů a dalších institucí, které je v rozporu s právem, neodpovídá principům demokratického právního státu a dobré správy, jakož i před jejich nečinností, a tím přispívat k ochraně základních práv a svobod.

Působnosti ochránce podléhá celé území České republiky a vztahuje se na ministerstva a jiné správní úřady s působností pro celé území státu, správní úřady jim podléhající, Českou národní banku, pokud působí jako správní úřad, Radu pro rozhlasové a televizní vysílání, okresní úřady a města při výkonu působnosti okresního úřadu, obce při výkonu státní správy, Policii České republiky, Armádu České republiky, Hradní stráž, Vězeňskou službu České republiky, zařízení, v nichž se vykonává vazba, trest odnětí svobody, ochranná nebo ústavní výchova, ochranné léčení, jakož i na veřejné zdravotní pojišťovny.

Jeho působnost se naopak nevztahuje na Parlament, prezidenta republiky a vládu, na Nejvyšší kontrolní úřad, na zpravodajské služby České republiky, na vyšetřovatele Policie České republiky,státní zastupitelství a na soudy, s výjimkou orgánů státní správy soudů.

Svoji činnost ochránce zahajuje na základě podnětu fyzické nebo právnické osoby jemu adresovanému anebo z vlastní iniciativy. Dále pak na základě podnětu adresovanému poslanci nebo senátorovi, který jej ochránci postoupil nebo na základě podnětu adresovanému některé z komor Parlamentu, která jej ochránci postoupila.

Podnět na zahájení činnosti ochránci může podat každý a to buď písemně nebo ústně do protokolu. Ochránce může podnět odložit nebo zahájit šetření. Ochránce může podnět vyřídit i poučením stěžovatele o správném postupu v případě, že podnět je podle svého obsahu opravným prostředkem, podle předpisů o řízení ve věcech správních nebo soudních, žalobou nebo opravným prostředkem ve správním soudnictví, anebo ústavní stížností.

Důvodem pro odložením podnětu je zejména skutečnost, že se podnět týká věci, která nespadá do působnosti ochránce nebo jej podala osoba, které se věc netýká. Ochránce může podnět odložit i v případě, že stěžovatel ve stanovené lhůtě nedoplnil obligatorní náležitosti svého podání nebo je podnět zjevně neopodstatněný. Důvodem pro odložení může být uplynutí jednoroční promlčecí lhůty nebo skutečnost, že věc které se podnět týká projednává soud nebo byla již soudem rozhodnuta. Podnět může být odložen i v případě, že ochránce věc jednou prošetřil a opakovaný podnět nepřináší nové skutečnosti.

Jestliže ochránce věc neodloží ani nevyřídí věc poučením stěžovatele, zahájí šetření. Ke zjišťování skutečného stavu věci je ochránce oprávněn s vědomím vedoucích úřadů vstupovat do všech prostor úřadu a provádět další šetření, spočívající zejména v právu nahlížet do spisů, klást otázky všem zaměstnancům úřadu. Ochránce má rovněž právo rozmlouvat s osobami umístěnými v zařízeních, v nichž se vykonává vazba, trest odnětí svobody, ochranná nebo ústavní výchova anebo ochranné léčení, a to bez přítomnosti jiných osob. Ochránce má rovněž možnost účastnit se ústních jednání a provádění důkazů úřady a klást přítomným osobám otázky. Jeho právem je i možnost žádat, aby jednotliví zaměstnanci úřadu byli pro účely šetření podle předchozích odstavců zproštěni povinnosti mlčenlivosti, je-li jim zákonem uložena.

Úřady jsou povinny poskytnout ochránci veškerou součinnost. Na žádost ochránce a ve lhůtě jím stanovené mají povinnost poskytnout informace a vysvětlení, předložit spisy a jiné písemnosti, sdělit písemně stanovisko ke skutkovým a právním otázkám, provést důkazy, provést úkony dozoru, k nimž jsou podle zákona oprávněny.

Výsledkem šetření může být zjištění, že žádný právní předpis nebyl porušen a o tomto ochránce vyrozumí úřad i oznamovatele. Takto postupuje i v případě, že šetření zahájil na vlastní podnět. Jestliže se však šetřením zjistí porušení právních předpisů či jiná pochybení vyzve ochránce úřad, aby se k jeho zjištění ve lhůtě 30 dnů vyjádřil.

Úřad v této lhůtě sdělí ochránci jaká opatření k nápravě provedl nebo provádí. Ochránce opatření posoudí a pokud je shledá dostatečnými, vyrozumí o tom stěžovatele i úřad. V opačném případě ochránce po obdržení vyjádření nebo marném uplynutí lhůty sdělí písemně své závěrečné stanovisko úřadu a stěžovateli. Součástí tohoto stanoviska je návrh opatření k nápravě. Těmito opatřeními může být zejména návrh na zahájení řízení o přezkoumání rozhodnutí, úkonu nebo postupu úřadu, lze-li je zahájit z úřední moci, provedení úkonů k odstranění nečinnosti, zahájení disciplinárního nebo obdobného řízení, zahájení stíhání pro trestný čin, přestupek nebo jiný správní delikt, poskytnutí náhrady škody nebo uplatnění nároku na náhradu škody.

Úřad je povinen do 30 dnů od doručení závěrečného stanoviska sdělit ochránci, jaká opatření k nápravě provedl. Jestliže úřad povinnost nesplní, nebo jsou-li opatření k nápravě podle názoru ochránce nedostatečná, vyrozumí ochránce nadřízený úřad, a není-li takového úřadu, vládu. Situaci může vyřešit i informováním veřejnosti, přičemž utajované skutečnosti a údaje o totožnosti stěžovatele a zaměstnanců úřadu se neuvádějí.